Кошторис затверджується за загальним і спеціальним фондами на рік без розподілу за періодами року в обсязі, який дорівнює сумі цих фондів. Суми грошових коштів згідно кошторисів розподіляються між кодами економічної класифікації видатків і відповідно до даної класифікації використовуються в майбутньому.
Відповідні зобов'язання повинні випливати із договорів (угод, замовлень), згідно з якими ВНЗ як споживачі товарів, робіт і послуг повинні сплатити належну суму виконавцю за реалізацію цих договорів.
Державне казначейство контролює цільове направлення бюджетних коштів на стадії проведення платежу на підставі підтвердних документів на даних державними ВНЗ. Підставою для здійснення видатків є платіжні доручення та підтвердні документи про цільове направлення коштів ( рахунки, рахунки-фактури, накладні, трудові угоди, договори про виконання робіт, акти виконання робіт). Дані документи приймаються ВНЗ за загальним та спеціальним фондом. Орган Державного казначейства за результатами попереднього операційного дня надає ВНЗ виписки про здійсненні видатки шляхом проведення платежів з бюджетних та позабюджетних рахунків [6].
Таким чином управління та контроль за розрахунковими операціями державних вищих навчальних закладів полягає на казначейство, що в свою чергу здійснює облік, аналіз та контроль за розрахунковими операціями. Також значну роль відіграють банківські установи, котрі накопичують та розподіляють готівкові потоки державних ВНЗ.
Значним у розрахункових операціях державного ВНЗ є ефективність та послідовність організації фінансового менеджменту закладу.
Основною складовою управління за доходами та видатками є менеджмент грошових потоків. Завданням менеджменту грошових потоків є забезпечення оперативного, поточного й річного управління коштами закладу, балансування надходжень та видатків, здійснення розрахунків. Облік фінансової діяльності у ВНЗ здійснюється з використанням відповідних субрахунків окремих робіт. Субрахунок дає змогу виділити доходи й витрати конкретного підрозділу господарської частини, бібліотеки, гуртожитку тощо. Це дає можливість застосувати певний режим функціонування підрозділі; планування обсягів потреби коштів на окремі види діяльності, від слідкувати формування витрат; впровадити режим економії та внутрішньо вузівський господарський розрахунок.
Позабюджетні кошти, які надходять на централізований субрахунок ВНЗ, мають бути розподілені на три частини: підтримки загальних заходів закладу, служб управління і забезпечення, головних структурних підрозділів (факультетів і кафедр). Цільові рахунки використовуються на всіх рівнях управління бо це дієвий спосіб контролю за напрямами використання фінансових ресурсів [1].
На сьогодні при управлінні фінансами ВНЗ, необхідним є стійка система взаємозв'язаних положень і принципів, методик та норм.
Ефективна реалізація фінансової політики ВНЗ залежить від прийняття стратегічних та оперативних рішень в його функціональній і фінансово-господарській діяльності, що в кінцевому результаті зводиться до управління платежами.
Тому необхідним є розгляд питання фінансового менеджменту ВНЗ як системи принципів і методів розробки та реалізації управлінських рішень, пов'язаних з формуванням, розподілом і використанням фінансових ресурсів ВНЗ та організацією обороту його грошових коштів.
Основою фінансового менеджменту ВНЗ є управління фінансовими та матеріальними ресурсами на основі системи принципів, методів, форм та прийомів регулювання ринкового механізму в області фінансів з метою
забезпечення ефективності роботи та підвищення конкурентоспроможності ВНЗ.
Фінансовий стан ВНЗ залежить від раціональності розміщення коштів в основних та оборотних фондах, підтриманні запасів нормованих засобів на мінімальному рівні, своєчасності розрахунків по зобов'язаннях з постачальниками, фінансовими органами тощо. Повнота і своєчасність цих розрахунків вимагає мобілізації всіх фінансових ресурсів незалежно від їх походження.